鹤庆锰矿属多成因型矿床,鹤庆型高品位优质锰矿的成矿过程分为多个阶段,初期以玄武岩浆为主导,地热体系提取、生物吸收、注入盆地底部砂源层,形成矿床,然后在卡尼克-诺利期,采用后续热源提取、富集,最后形成矿床。在地区地质构造单元的边界上,槽区的扩展和褶皱作用将应力传递到台区, 并在靠近台地一侧的深大断层走滑作用下,在靠近台地一侧形成1个小型的走滑拉张盆地,并导致了大陆拉斑玄武岩的爆发,从而形成了锰矿床的矿床结构与热源。碳酸盐是一种脆性岩体,在下陷过程中易产生纵张型裂缝和型剪切裂缝,在热水作用下易产生溶蚀,从而扩展渗透通道,有利于矿物的提取与溶解。