锰矿的成因可划分为2种类型: ①由下地壳热循环引起的热水循环; ②由上古大陆的风化。古陆以玄武岩为主要风化特征, 而热水循环则是以北衙组为主要来源.
构造控矿,同生构造是鹤庆锰矿矿床的成矿前、成矿期和成矿末期,成矿前沉陷期(三叠系松桂组早期):矿区北部的汝南岗大断裂(F)大断拉张裂陷,在本区的南面是黄蜂山-断层(剑川庆华),东到军营-福田断层之间的1条近东西方向的凹陷,也就是所谓的鹤庆沉锰盆地。在汝南岗大断层持续拉张的过程中,出现了1种基性的火山爆发,这一现象是由松桂组的玄武岩层所证实的,它携带了大量的锰元素并沉淀了下来。同时,由于火山爆发和地震的频繁爆发,导致了海底的泥石流和泥石流,将整个裂陷槽分成了几个副凹陷盆地,以鹤庆沉锰盆地为中心,形成了一个相对独立的沉积环境。
通过对其他不同方位的晚期构造的分析,发现它们对矿体的作用主要体现在使矿体发生移、断裂、断裂等方面。由于这些结构的断裂距离很小,因此,如果仔细观察某些结构的特点,
含锰岩系主矿体的矿物成份除锰的碳酸盐和少量氧化物外,有大量的硅酸盐出现,组成条带状矿石。含锰粒序层中锰的碳酸盐、硅酸盐以杂基的形式出现,硅质浊积岩中外来砾石和胶结物均有大量硅质出现。锰矿物与海绿石共生。主矿体并不在海浸层位的下部，而在海水由深变浅的下部。
据微量元素相关性分析,锰与钡呈正相关,钡为氧化还原环境的指示元素。锰与钴、镍呈正相关,与海洋中的锰结核类似,推断锰形成为海相环境。
